Program Penjurusan di SIROJA dirancang untuk membekali santri dengan ilmu pengetahuan yang luas dan mendalam, serta keterampilan yang relevan dengan minat dan bakat masing-masing. Melalui program ini, santri dapat memilih fokus studi yang sesuai dengan tujuan masa depan mereka, baik di bidang agama, umum, maupun kombinasi keduanya.